Selon Patrick Ollier l'argent public est mal utilisé ou gaspillé en France. Des interrogations se font jour, au vu du mécanisme de financement :

• L'électricité produite par éolienne est vendue à EDF ou à ses concurrents. Dès lors qu'une éolienne est située dans une ZDE (Zone de développement éolien) EDF (ou son concurrent) est obligé d'acheter l'électricité produite dont le prix est garanti pendant quinze ans (par l'État). Ce prix est supérieur au prix du marché. En 2011, le coût d'achat moyen par EDF de l'électricité éolienne était de 85,3 €/MWh, alors que le prix de marché utilisé pour calculer les surcoûts était en moyenne de 48,5 €/MWh. Le surcoût est supporté directement par le consommateur d'électricité (des exonérations partielles ou totales sont accordées aux industriels afin de préserver leur compétitivité) par l'intermédiaire de la CSPE (Contribution au service public de l'électricité). La Fédération Environnement durable, un groupe de pression anti-éolien, a calculé que le surcoût de l’éolien entraînera une augmentation de plus de 20 % de la facture d’électricité, pour une production éolienne qui ne représentera, au mieux, que 5 % de notre consommation électrique.
• l'énergie éolienne profite en plus d'aides financières importantes.

En France, il était prévu en 2009 que d'ici 2020, le tarif subventionné demanderait un financement estimé à 42 milliards d'euros pour l'éolien terrestre et 80 milliards d'euros si l'on inclut l'éolien offshore.

Plusieurs médias ont mis en question ce système de soutien et les profits générés. En France, des élus locaux sont suspectés de corruption (principalement sous la forme de prise illégale d'intérêts) et d’après le SCPC ce système de corruption semble toucher l'ensemble du territoire national.

Dans son rapport annuel public 2011, la Cour des comptes consacrait un chapitre à la CSPE, constatant que, son taux étant resté inchangé depuis 2004 à 4,5 €/MWh, elle ne permettait plus de couvrir les surcoûts imposés aux producteurs d’électricité. À fin 2010, le déficit cumulé atteignait 2,8 Mds € et pesait sur le fonds de roulement d’EDF.

La loi de Finances 2011 avait relevé ce taux, mais dans des proportions insuffisantes, et la Cour recommandait, en particulier de :

• maîtriser les facteurs de croissance des charges de service public de l’électricité, en particulier le système de l’obligation d’achat, à des tarifs trop attractifs, fonctionnant « à guichet ouvert » ;
• remettre à plat le dispositif d’ensemble afin d’en rendre le fonctionnement plus lisible ; la Cour considérait en particulier que la CSPE, qualifiée par le Conseil d’État « d’imposition innommée » (décisions du 13 mars 2006), est un quasi-impôt dont le taux, et les conditions de prélèvement devraient faire l’objet d’une autorisation périodique et d’un contrôle du Parlement ;
• réexaminer le financement du soutien au développement des énergies renouvelables et des autres charges du service public de l’électricité, par le consommateur d’énergie (et non par le consommateur d’électricité uniquement).

Ce dernier point est très important : en faisant supporter le surcoût des EnR aux seuls consommateurs d'électricité, elle affaiblit la compétitivité de cette énergie par rapport aux énergies émettrices de gaz à effet de serre, ce qui va directement à l'encontre du but poursuivi. Dans l'idéal, la CSPE devrait être affectée aux factures de gaz et de produits pétroliers (par exemple, sous la forme d'une taxe carbone) et non à l'électricité. Les recommandations de la Cour des Comptes n'ont été que très partiellement suivies : la CSPE a été augmentée, mais son bien-fondé n'a pas été remis en cause.

Le montant de la CSPE supporté par les consommateurs d'électricité a été porté à partir du 01/01/2013 à 13,5 €/MWh101. La Commission de régulation de l'énergie, chargée de réguler la CSPE, estime le montant des charges à compenser en 2013 à 5124 M€, dont 2790 M€ au titre du surcoût des énergies renouvelables (567 M€ pour les éoliennes, 2107 M€ pour le photovoltaïque, etc)101. Les clients résidentiels ont payé 1390 M€ de CSPE en 2012102. La CSPE qu'ils ont payée au 2e semestre 2012, soit 1,05 c€/kWh, représentait 10,5 % de leur facture moyenne qui était de 9,86 c€/kWh hors taxes selon Eurostat103 ; au 1er semestre 2013, après le passage de la CSPE à 13,5 €/MWh et la hausse de tarif de 2,5 % au 01/01/2013 qui en découle, la CSPE représente 13,1 % de la facture moyenne d'électricité des consommateurs domestiques ; les 5,5 €/MWh relatifs au photovoltaïque représentent 5,4 % de leur facture, et l'éolien 1,4 %.

Le développement des surcoûts des EnR est très rapide ; les prévisions pour 2020 sont de 6,5 (EDF) à 8,4 Mds € (CRE)100, dont :

éolien terrestre : 926 à 1291 M€ ;

éolien en mer : 1172 à 2572 M€.

L'Allemagne, comme la France, a adopté, pour le financement du développement des énergies renouvelables, le système (imité de celui du Danemark, pionnier de l'éolien) de l'obligation d'achat financé par une surtaxe sur les factures d'électricité ; en Allemagne, cette surtaxe, nommée EEG-Umlage car elle a été instituée par la loi dite EEG (Erneubare Energien Gesetz - Loi sur les Énergies Renouvelables), est plus transparente car dédiée uniquement à la compensation des surcoûts des EnR. Elle est fixée au 1er janvier 2013 à 53 €/MWh, ce qui représente un surcoût moyen par foyer de 185 € par an ; selon la Frankfurter Allgemeine Zeitung, la facture des consommateurs allemands d’électricité pour les fournitures d’origine renouvelable a représenté en 2012 un montant record de plus de 20 milliards d’euros ; la valeur de marché de cette électricité renouvelable selon les cours de la Bourse de l'électricité est de 2,9 Mds € ; le surcoût payé par les consommateurs est donc de 17 Mds €.

Peter Altmaier, ministre fédéral de l'Environnement, a annoncé fin janvier 2013 son intention de revoir le mode de financement des énergies renouvelables, qui repose aujourd'hui essentiellement sur les ménages et le Mittelstand (les ETI allemandes). Il remet en cause l'EEG-Umlage qui est passée de 0,35 c/kWh en 2003 à 5,3 c/kWh en 2013, ce qui représente un coût de 20 milliards d'euros par an pour les consommateurs d'électricité ; d'après le cabinet Bearing Point, elle pourrait atteindre 12 c/kWh en 2020, soit 50 Mds €/an ; pour un ménage qui consomme 3 500 kWh/an, l'addition passerait de 185 à 420 €/an ; « nous avons atteint la charge limite de cette subvention », a déclaré le ministre de l'Environnement. D'après l'institut VIK, les industriels français paient leur électricité 22 % moins cher que les allemands, les chinois 25 % et les américains 52 % moins cher. Par ailleurs, Peter Altmaier a l'intention de rechercher une meilleure allocation des aides en fonction des besoins du réseau : la production éolienne est très concentrée dans le nord, en particulier en Basse-Saxe, alors que la grande industrie est plutôt localisée dans le sud.